항생제 복용 후 장내 미생물은 어떻게 달라질까?
항생제는 감염균뿐 아니라 장내 미생물도 함께 줄입니다. 복용 며칠 만에 다양성이 떨어지고, 끝난 뒤 대부분 돌아오지만 일부는 몇 달이 지나도 돌아오지 않을 수 있어요. 회복 속도의 개인차, 항생제와 유산균을 함께 먹을지에 대한 연구까지 정리했습니다.
Oct 16, 2026
항생제를 처방받는 일은 생각보다 흔합니다. 항생제는 몸속의 해로운 세균만 골라내지 못해서, 장에 사는 미생물에게도 함께 영향을 주는데요. 이 글에서는 항생제를 먹는 동안과 끝난 뒤 장내 미생물에 어떤 일이 생기는지, 사람을 대상으로 한 연구로 정리합니다.
5줄 요약
- 항생제는 감염을 일으킨 세균과 장에 원래 사는 세균을 가려내지 못해서, 장내 미생물도 함께 줄어듭니다.
- 변화는 빠릅니다. 복용 3~4일 만에 장내 미생물의 다양성이 눈에 띄게 줄었다는 연구가 있어요.
- 항생제를 끊으면 대부분의 균은 몇 주에서 몇 달에 걸쳐 돌아오지만, 6개월이 지나도 돌아오지 않는 균도 있습니다.
- 회복 속도와 정도는 사람마다, 같은 사람이라도 복용할 때마다 다를 수 있어요.
- 유산균을 먹는다면 항생제를 먹는 '동안' 시간 간격을 두고 먹는 것이 연구와 맞고, 끝난 뒤 장내 미생물을 되돌리는 일은 매일의 식사가 맡습니다.
이 글은 산불이 지나간 숲에 빗대어 보면 이해가 쉬워요. 불길은 몇 시간이면 숲을 훑고 지나가지만, 숲이 다시 우거지기까지는 훨씬 오래 걸리고, 원래 살던 나무가 모두 돌아온다는 보장도 없습니다. 장내 미생물과 항생제의 관계도 이와 비슷하죠.
1. 항생제는 왜 장내 미생물까지 줄일까?
항생제는 세균이 살아가는 데 필요한 구조나 기능을 공격하는 약입니다. 감염을 일으킨 세균과 장에 원래 사는 세균은 그 구조가 비슷한 경우가 많아서, 항생제가 둘을 구분하지 못하고 함께 영향을 줍니다.
우리 장, 특히 대장에는 수많은 세균이 살고 있어요. 입으로 먹은 항생제는 위와 소장을 지나며 흡수되거나 장 속에 남아 대장까지 내려가는데, 이 과정에서 장에 사는 세균들도 항생제를 그대로 만나게 됩니다.
항생제마다 영향을 주는 세균의 범위도 달라요. 여러 종류의 세균에 두루 작용하는 항생제를 '광범위 항생제', 특정 세균에 좁게 작용하는 항생제를 '협범위 항생제'라고 부르는데요. 범위가 넓을수록 장내 미생물이 받는 영향도 커질 수 있답니다.
항생제를 먹는 동안 변이 묽어지는 경험도 이와 관련이 있어요. 의학적으로는 '항생제 연관 설사(Antibiotic-associated diarrhea, AAD)'라고 부르는데요. 서울대학교병원 의학정보에 따르면 거의 모든 항생제가 일으킬 수 있고, 발생률은 항생제의 종류와 사람의 상태에 따라 3.2~29%로 보고됩니다(서울대학교병원 N의학정보, 항생제설사).
원인으로는 장내 미생물의 구성이 바뀌면서 탄수화물의 소화·흡수가 줄어드는 것, 그 빈틈에서 일부 세균이 지나치게 늘어나는 것 등이 꼽혀요. 장내 미생물이 나눠 맡던 일이 갑자기 흔들리면서 장의 리듬도 함께 흔들리는 셈이죠. 대부분은 가볍고 항생제를 끝내면 며칠 안에 나아지지만, 하루 3회 이상 물설사가 이어지거나 복통·열·혈변이 함께 나타나면 진료가 필요합니다(5장 참고).
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2. 항생제를 먹으면 장내 미생물은 얼마나 빨리 달라질까?
며칠이면 충분합니다. 건강한 성인이 항생제를 먹기 시작한 지 3~4일 만에 장내 미생물의 다양성이 크게 줄고 구성이 바뀌었다는 연구가 있어요. 배에 아무런 불편이 없던 사람에게서도 같은 변화가 관찰됐습니다.
미국 스탠퍼드대학교의 레스 데들레프센(Les Dethlefsen)과 데이비드 렐먼(David A. Relman)은 건강한 성인 3명에게 항생제 시프로플록사신을 5일씩, 약 6개월 간격으로 두 번 먹게 하고 10개월 동안 장내 미생물을 추적했는데요. 《PNAS》에 2011년 발표된 이 연구에서, 복용 ‘3~4일’ 만에 장내 미생물의 다양성이 떨어지고 구성이 크게 바뀌었어요(Dethlefsen & Relman, PNAS, 2011).
눈여겨볼 점은 참가자들이 복통이나 설사 같은 증상을 보고하지 않았다는 거예요. 다시 말해 속이 멀쩡하다고 해서 장내 미생물에 변화가 없는 것은 아니라는 뜻입니다.
3. 항생제를 끊으면 장내 미생물은 원래대로 돌아올까?
대부분은 돌아오지만, 전부는 아닙니다. 항생제를 끊은 뒤 장내 미생물은 몇 주에서 몇 달에 걸쳐 원래 모습에 가까워지는데, 6개월이 지나도 돌아오지 않는 균이 있었고 회복 정도는 사람마다 달랐습니다.
3-1. 6개월이 지나도 돌아오지 않은 균
대부분의 회복, 그러나 빈자리
덴마크 코펜하겐대학교 연구진이 《Nature Microbiology》에 2018년 10월 발표한 연구는 건강한 성인 남성 12명에게 중환자 치료에 쓰이는 강한 항생제 3종을 4일 동안 함께 먹게 한 뒤, 6개월 동안 장내 미생물의 변화를 지켜봤습니다(Palleja 외, Nat Microbiol, 2018).
결과는 두 가지로 요약할 수 있어요.
첫째, 대부분의 균은 6개월에 걸쳐 서서히 돌아왔습니다.
둘째, 그런데도 참가자 대부분에게서 흔히 보이던 장내 세균 9종은 6개월 뒤에도 돌아오지 않았어요. 그 자리에 원래 드물던 균이 새로 자리 잡은 경우도 있었습니다.
산불 뒤의 숲으로 돌아가 보면, 숲은 다시 초록빛이 되지만 산불이 나기 전과 똑같은 숲은 아닐 수 있다는 뜻이에요.
3-2. 같은 사람도 매번 다르게 회복한다.
회복의 개인차
앞서 본 스탠퍼드대 연구에서도 회복은 사람마다 달랐습니다. 항생제를 끊은 지 약 1주일 뒤부터 장내 미생물이 원래 모습으로 돌아가기 시작했지만, 한 사람은 거의 완전히 회복했고 다른 한 사람은 두 달 가까이 느리게 변해 갔어요. 같은 사람이 두 번째로 항생제를 먹었을 때는 첫 번째와 다른 방식으로 회복하기도 했죠.
연구가 끝날 무렵 세 사람 모두의 장내 미생물은 처음과 조금 다른 상태로 자리를 잡았고, 연구진은 항생제가 장내 미생물을 새로운 균형 상태로 옮겨 놓을 수 있다고 해석했습니다(Dethlefsen & Relman, PNAS, 2011).
연구명 | 대상 | 항생제·기간 | 💡관찰된 변화 | 💡회복 |
Dethlefsen & Relman, PNAS, 2011 | 건강한 성인 3명 | 시프로플록사신 5일 × 2회(약 6개월 간격) | 3~4일 만에 다양성 감소, 증상은 없음 | 1주 뒤부터 회복 시작, 사람마다 정도가 다르고 처음과 다른 상태로 안정 |
Palleja 외, Nat Microbiol, 2018 | 건강한 성인 남성 12명 | 강한 항생제 3종 4일 | 장내 세균이 크게 감소 | 6개월에 걸쳐 대부분 회복, 흔한 장내 세균 9종은 6개월 뒤에도 미회복 |
Suez 외, Cell, 2018 | 건강한 성인 21명 | 시프로플록사신 + 메트로니다졸 7일 | 장 점막과 변의 미생물 모두 감소 | 저절로 회복한 그룹보다 유산균을 먹은 그룹의 회복이 늦음(4장 참고) |
4. 항생제 먹을 때 유산균을 같이 먹어도 될까?
같이 먹어도 됩니다. 다만 '언제' 먹느냐가 중요해요. 연구에서 좋은 결과가 나온 것은 항생제를 먹는 '동안' 함께, 시간 간격을 두고 먹은 경우였습니다. 반대로 항생제를 끝낸 뒤 장내 미생물을 원래대로 '되돌리려고' 먹는 것은 근거가 부족하고, 오히려 회복을 늦췄다는 연구가 있어요.
언제 | 연구가 보여 준 것 | 💡그래서 이렇게 | 근거 |
항생제를 먹는 동안 | 함께 먹은 사람이 항생제 연관 설사를 덜 겪음 | 먹는다면 항생제와 함께 시작하고, 같은 시간에는 먹지 않기 | 대규모 분석 2건(4-1) |
항생제를 끝낸 뒤 | 유산균을 먹은 그룹의 장내 미생물 회복이 더 늦음 | '되돌린다'는 기대는 접고, 회복은 식사로 돌보기 | 소규모 연구 1건(4-2) |
면역이 크게 떨어진 상태 | 드물지만 심각한 부작용 보고가 있음 | 먹기 전에 반드시 의료진과 상의 | 코크란 분석(4-4) |
4-1. 먹는다면 '항생제를 먹는 동안'에
좋은 결과가 나온 시기
항생제와 프로바이오틱스를 함께 먹은 연구들을 모은 분석은 대체로 같은 방향을 가리킵니다.
미국 랜드연구소의 수잔 헴펠(Susanne Hempel) 연구팀이 《JAMA》에 2012년 5월 발표한 분석에서는 무작위 대조 연구 63건(11,811명)을 종합한 결과, 프로바이오틱스를 함께 먹은 그룹이 항생제 연관 설사를 겪을 위험이 42% 낮았어요(Hempel 외, JAMA, 2012). 코크란(Cochrane)이 2019년 4월 어린이 6,352명이 참여한 연구 33건을 모은 분석에서도 그 비율이 8%로, 먹지 않은 그룹(19%)보다 낮았습니다(Guo 외, Cochrane Database Syst Rev, 2019).
두 분석의 공통점은 항생제를 먹기 시작할 때부터 함께 먹었다는 것이에요. 쉽게 말해, 유산균에 기대할 수 있는 역할이 있다면 아마도 '끝난 뒤의 복구'보다 '먹는 동안의 완충'에 가까울 거예요.
4-2. 끝난 뒤 '되돌리려고' 먹는 것은 ‘글쎄..?’
회복이 오히려 늦어진 연구
이스라엘 와이즈만 연구소의 요탐 수에즈(Jotham Suez)와 에란 엘리나브(Eran Elinav) 연구팀이 《Cell》에 2018년 9월 발표한 연구는 많은 분이 궁금해하는 질문을 직접 시험했습니다. 항생제를 끊은 뒤 유산균을 먹으면 장내 미생물이 더 빨리 돌아올까?
연구팀은 건강한 성인 21명에게 항생제 2종을 7일 동안 먹게 한 뒤, ① 아무것도 하지 않고 기다린 그룹, ② 11종의 균이 든 프로바이오틱스를 먹은 그룹, ③ 항생제를 먹기 전 보관해 둔 자신의 대변 미생물을 다시 이식받은 그룹으로 나눴어요.
내시경으로 장 점막의 미생물까지 직접 살펴본 결과, 프로바이오틱스를 먹은 그룹은 기다린 그룹보다 원래 장내 미생물의 회복이 늦고 불완전했습니다(Suez 외, Cell, 2018). 자기 대변 미생물을 이식받은 그룹은 며칠 만에 원래 모습에 가까워졌어요.
밖에서 넣어 준 균이 빈자리를 차지하면서, 원래 살던 균이 돌아올 자리를 늦게 내준 것으로 연구팀은 해석했습니다. 산불 뒤 숲에 다른 곳의 묘목을 서둘러 심었더니, 원래 숲의 나무가 다시 자라는 게 늦어진 셈이에요.
4-3. 같은 시간에는 먹지 않습니다.
시간 간격 두기
유산균도 세균이라 항생제와 한꺼번에 먹으면 항생제의 영향을 그대로 받을 수 있어요. 그래서 항생제를 먹은 직후를 피해 몇 시간(보통 2시간 이상) 간격을 두라고 안내하는 경우가 많습니다. 다만 항생제마다 하루 복용 횟수가 달라 정답이 하나로 정해져 있지는 않으니, 약을 받을 때 약사에게 "이 항생제와는 몇 시간 띄우면 되나요?"라고 한 번 묻는 것이 가장 정확해요.
참고로 세균이 아닌 효모 계열은 세균을 겨냥한 항생제의 영향을 받지 않아요. 같은 '유산균 제품'이라도 들어 있는 균의 종류에 따라 시간 간격의 의미가 달라지는 이유입니다.
4-4. 이런 경우에는 먼저 의료진과 상의합니다
안전이 먼저인 상황
건강한 사람에게 프로바이오틱스는 대체로 큰 문제가 없었지만, 코크란 분석은 중증 질환으로 입원 중이거나 면역이 크게 떨어진 경우, 몸에 의료용 관(중심정맥관)을 삽입한 경우 드물게 심각한 부작용이 보고됐다고 짚었어요(Guo 외, Cochrane Database Syst Rev, 2019).
항암 치료 중이거나 장기 이식을 받은 분, 입원 중인 분이라면 스스로 판단하지 말고 담당 의료진과 먼저 상의하는 게 정석이랍니다.
정리하면
- 유산균을 먹는다면 항생제를 시작할 때 함께 시작하고, 같은 시간이 아닌 간격을 두고 먹습니다.
- 항생제를 끝낸 뒤 장내 미생물을 되돌리는 일은 유산균보다 매일의 식사에 맡깁니다(5장).
- 면역이 크게 떨어진 상태라면 먹기 전에 의료진과 상의합니다.
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5. 항생제를 먹은 뒤 해야 할 일
처방대로 끝까지 먹고, 끝난 뒤에는 장내 미생물의 먹이(식이섬유)를 꾸준히 채워 주세요. 회복을 단번에 앞당기는 방법보다는, 장내 미생물이 돌아올 환경을 매일의 식사로 만들어 두는 쪽이 지금까지의 연구와 맞닿아 있습니다.
1. 항생제는 처방받은 대로 끝까지 먹습니다.
장내 미생물이 걱정된다고 임의로 줄이거나 끊으면 감염 치료가 제대로 되지 않을 수 있어요. 필요한 항생제를 피하는 것이 답은 아닙니다.
2. 끝난 뒤에는 식물성 식품을 고르게 먹습니다.
장내 미생물은 채소·통곡물·콩류·해조류에 든 식이섬유를 먹이로 삼아요. 특정 음식 하나보다 여러 식물성 식품이 매일의 식사에 섞여 있는지가 더 중요합니다. 갑자기 양을 늘리면 가스가 찰 수 있으니 천천히 늘려 주세요.
3. 꼭 필요할 때만 항생제를 씁니다.
앞의 연구들은 항생제를 반복해서 먹을수록 회복이 매번 달라질 수 있음을 보여 줘요. 감기처럼 바이러스가 원인인 경우에는 항생제가 듣지 않으니, 처방 여부는 의료진의 판단에 맡기는 것이 좋습니다.
4. 불편이 계속되면 진료를 받습니다.
항생제를 먹는 동안이나 끊은 뒤에 하루 3회 이상 물설사가 이어지거나, 복통·열·혈변이 함께 나타난다면 스스로 판단하지 말고 의료진을 찾아야 해요.
설사가 난다고 항생제를 임의로 끊기보다, 처방한 의사와 상의해 약을 바꾸거나 중단할지를 정하는 것이 안전합니다. 예전에 항생제를 먹고 설사를 겪은 적이 있다면 다음 진료 때 미리 알려 두는 것도 도움이 돼요(서울대학교병원 N의학정보, 항생제설사).
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불길이 지나간 숲은 저절로 다시 자라지만, 얼마나 빨리, 어떤 모습으로 돌아올지는 흙과 비가 정합니다. 항생제 뒤의 장도 비슷해요. 무엇을 더 넣을지 고민하기 전에, 장내 미생물이 다시 자리 잡을 수 있도록 매일의 식사가 그 흙과 비가 되어 주고 있는지부터 살펴보세요.
자주 묻는 질문(FAQ)
Q. 항생제를 먹으면 장내 미생물은 다 죽나요?
A. 다 죽지는 않습니다. 장내 미생물의 수와 다양성이 크게 줄지만 상당수는 살아남고, 항생제를 끊은 뒤 몇 주에서 몇 달에 걸쳐 대부분 돌아와요. 다만 일부는 6개월이 지나도 돌아오지 않았다는 연구가 있습니다.
Q. 항생제를 먹으면 왜 설사를 하나요?
A. 항생제가 장내 미생물까지 함께 줄여 장의 리듬이 흔들리기 때문입니다. 이를 '항생제 연관 설사'라고 하며, 거의 모든 항생제가 일으킬 수 있어요. 대부분은 가볍고 항생제를 끝내면 며칠 안에 나아지지만, 물설사가 이어지거나 열·혈변이 함께 나타나면 진료를 받아야 합니다.
Q. 항생제를 먹은 뒤 장내 미생물이 회복되는 데 얼마나 걸리나요?
A. 정해진 기간은 없습니다. 연구에서는 끊은 지 약 1주일 뒤부터 회복이 시작돼 몇 달에 걸쳐 이어졌고, 사람마다 속도와 정도가 달랐어요. 항생제의 종류와 기간에 따라서도 달라질 수 있습니다.
Q. 항생제와 유산균은 몇 시간 간격으로 먹어야 하나요?
A. 같은 시간에 먹지 않는 것이 기본이고, 보통 2시간 이상 띄우라고 안내하는 경우가 많습니다. 세균인 유산균은 항생제의 영향을 받을 수 있기 때문이에요. 항생제마다 복용 횟수가 달라 정확한 간격은 약을 받을 때 약사에게 확인하세요.
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Q. 항생제를 먹고 나서 속이 괜찮으면 장내 미생물도 괜찮은 건가요?
A. 꼭 그렇지는 않습니다. 복통이나 설사가 전혀 없던 사람에게서도 복용 며칠 만에 장내 미생물의 다양성이 크게 줄었다는 연구가 있어요. 증상과 장내 미생물의 변화가 늘 함께 나타나지는 않습니다.
Q. 항생제가 장에 안 좋다면 먹지 않는 게 낫나요?
A. 아닙니다. 항생제는 세균 감염을 치료하는 데 꼭 필요한 약이에요. 처방받았다면 지시대로 끝까지 먹고, 장내 미생물은 끝난 뒤 식사로 돌보는 것이 순서입니다. 처방이 필요한지는 의료진의 판단에 맡겨 주세요.
이 글은 항생제와 장내 미생물에 대한 일반적인 과학 정보를 소개하기 위한 정보성 콘텐츠이며, 특정 제품의 효능이나 질병의 예방·치료를 의미하지 않습니다. 항생제 복용과 관련된 판단은 의료진 또는 약사와 상담하세요.
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